PROBLEMA DE Dios. Una vez asentada la primera verdad, sabemos tan sólo una cosa: que somos un ser pensante, pero nada más. Desde esta base, Descartes tiene que reconstruir de nuevo el edificio del conocimiento.
Para ello, tiene que recurrir a la idea de Dios, para demostrar su existencia y, a partir de este punto, aniquilar los tres ámbitos de duda de la aplicación del método. En mi mente poseo muchas ideas, aunque de momento no puedo asegurar Su verdad, pues la única certeza que poseo es la de mi propia existencia. Entre esas ideas se encuentra la idea de Dios. Cuando pienso en Dios, me lo represento como un ser perfecto, infinito, omnipotente y bondadoso. El Problema que se plantea es el siguiente: la idea Dios está tan sólo en mi mente, o existe también fuera de ella. En otras palabras: ¿Dios es real? ¿O es tan solo una idea en mi mente? El primer argumento de Descartes es que yo no he creado la idea de Dios que está en mi mente, sino que me encuentro con ella. Ahora bien: el autor de esta idea no puede haber sido un ser finito e imperfecto como yo, sino que tiene que haber sido un ser posea tanta realidad objetiva como apunta idea, es decir: Dios. El segundo argumento de Descartes es que yo no me he dado la existencia a mí mismo. Por otro lado, si yo, que soy un ser finito, existo, implica que la idea de Dios, que es infinita y está por encima de mí, también existe.  Si yo lo hubiese creado la idea infinita de Dios, también me habría hecho infinito y perfecto a mí mismo.  Por tanto, Dios existe como autor de mi existencia. El tercer y más importante argumento cartesiano para demostrar la existencia de Dios es una derivación del argumento ontológico de San Anselmo, ideado en el Siglo XI. Este argumento se basa en la definición racional de Dios para derivar de ella su existencia real. Dios es la idea del ser más perfecto que e pueda concebir, es la perfección absoluta. A esta idea de perfección pueden atribuírsele numerosos atributos, como la omnipotencia, la omnipresencia, la omnisapiencia, etc. Pues bien, esta idea no sería máximamente perfecta si no poseyese el atributo de la existencia. Dicho de otro modo: la idea de perfección implica necesariamente el atributo de la existencia; este se deriva lógicamente de aquella como un teorema matemático. 

 No podemos comprender la idea de Dios sin admitir al instante su existencia: se trata de una necesidad racional. Una vez demostrada la existencia de Dios, Descartes va a usar el atributo de la bondad divina como garantía para legitimar los tres ámbitos de conocimiento que había sido puestos entre paréntesis con la duda metódica. Si Dios es bondadoso, no permitirá que nuestros sentidos nos engañen siempre, que el mundo exterior sea una mera proyección de nuestra mente, y que las verdades matemáticas sean una mera operación sin validez objetiva. De este modo, Descartes usa a Dios para niquilar la duda metódica y garantizar de nuevo la validez de nuestro conocimiento. El Problema de Dios y el del conocimiento se unen así y se retroslimentan el uno al otro. Descartes llama a Dios res infinita o sustancia infinita. En su lenguaje, esto quiere decir que Dios es la perfección absoluta. En el orden ontológico, Dios es la idea más importante que poseemos, en el sentido de que es el ser más perfecto que existe. No obstante, en el orden del conocimiento, Dios no es la primera idea que podemos conocer, sino que es el yo. Es más adelante, elaborando un argumento, como partiendo de la verdad evidente de mi propia existencia puedo llegar a la conclusión de que, por encima de mí, existe Dios. Descartes se plantea de forma seria y rigurosa la existencia de Dios. A diferencia de los pensadores medievales, no se pregunta por la capacidad de la razón para demostrar la verdad de la existencia de Dios (que conocemos a través de la fe) sino por la existencia de Dios. Esto es así porque Dios deja de ser el punto de partida en la filosofía moderna.
Ahora la razón es la base, y Dios se convierte en un punto de llegada, que debe ser probado racionalmente. Así, desde Descartes en adelante, filosofía moderna tiene la necesidad de demostrar que Dios existe, como harán Spinoza, Locke o Leibniz. Otros, sin embargo, negarán su existencia, como Diderot, mientras que Kant dirá que la razón no puede demostrar la existencia de Dios.

PROBLEMA DEL HOMBRE. Cuando Descartes establece su primera verdad, pienso, luego existo, afirma que yo soy una cosa que piensa. Descartes usa la palabra cosa, res, como sinónimo de sustancia. Se trata de un término que hereda de la tradición escolástica y que se remonta a Aristóteles. La sustancia es aquello que existe por sí mismo y que no tiene necesidad de nada más para existir. Decir, pues, que soy una cosa que piensa, significa afirmar la autonomía del pensamiento, la primacía de la razón sobre todo lo demás. En filosofía, la palabra dualismo hace referencia a una concepción binaria de la realidad, en la que dos entidades están contrapuestas y se oponen entre sí y, no obstante, forman un conjunto unitario. En el caso de Descartes, hablamos de un dualismo antropológico: el hombre es un ser dual, compuesto de alma y cuerpo.
El Problema al que enfrenta Descartes aquí es el de cómo dos realidad tan diferentes pueden convivir formando un conjunto. Descartes califica al yo pienso como razón y, a su vez, como alma. Somo una cosa que piensa, que es una razón y un alma. Nuestra esencia consiste, pues, en pensar. Esto es lo que nos convierte en humanos. Aunque la cacidad de pensar es igual en todos los hombres, todas las almas son individuales, y este sentido son distintas unas de otras: existen tantas almas como seres humanos. El alma es inmaterial, inmortal, y no ocupa ninguna extensión en el espacio. Descartes identifica la materia con la extensión. Todo lo que existe es extenso. Utiliza el ejemplo de un pedazo de cera: a este puede dársele cualquier tipo de forma clenándolo con una vela, pero sea cual sea su forma, posee siempre una extensión. Todo cuerpo, pues, es extenso en el espacio. La esencia de los cuerpos es la extensión. Además, Descartes estudia la materia desde el mecanicismo: el mundo es un gran mecanismo, que puede entenderse como un conjunto de pesos, poleas y engranajes. Así, en su física, estudia el universo como un gran mecanismo, donde los cuerpos se mueven por acción y reacción al contacto físico. Descartes es un continuador de la mecánica clásica de Galileo, y explica el funcionamiento del universo de forma mecánica, eliminando las causas finales, herencia de la teleología de  Aristóteles. Estudia la naturaleza recurriendo a las matemáticas y a la geometría Aplicado al ser humano, esto significa que nuestros cuerpos con un complejo mecanismo, puesto en funcionamiento por el alma. 

 Además, a diferencia del alma, todos los cuerpos son iguales: la sustancia extensa es una en todo el universo. La misma materia de nuestros cuerpos es la que compone los planetas. El problema al que se enfrenta Descartes es el de explicar la relación que poseen dos realidades tan diferentes entre sí. Esto se agrava porque Descartes descubre la existen procesos psicosomáticos: el alma influye al cuerpo y el estado del cuerpo influye en el alma. Por ejemplo, cuando sufro una enfermedad corporal, que tan sólo afecta a mí cuerpo, mi alma se resiente. Y, viceversa, mis estados anímicos tienen una repercusión en mi cuerpo. ¿Cómo explicar la relación entre las res cogitans y la res extensa?
Para solucionarlo, Descartes recurre a la fisiología. Usa un órgano del que en la época se desconocía su funcionamiento, la glándula pineal, y coloca en ella la morada del alma en el cuerpo. Con esto, Descartes intenta solucionar el problema de cómo el alma actúa sobre el cuerpo, por ejemplo, cuando quiere mover un miembro según su voluntad. Explica así que el alma, que es pensamiento, pueda dar órdenes al cuerpo, que es complejo mecanismo material. Al final, tenemos dos sustancias: la res cogitans y la res extensa. A estas sustancias hay que añadir una tercera sustancia: Dios, la res infinita. Así, finalmente, tenemos un dualismo antropológico, que explica al hombre como una mezcla heterogénea de alma y cuerpo. Estas dos sustancias son autónomas e independientes en todo, salvo en una sola cosa: su origen. Aquí es donde interviene la sustancia infinita como creadora: Dios, que es el ser más perfecto que existe, crea la dos sustancias que existen en el mundo: las almas individuales de los hombres, que son pensamiento, y todos los cuerpos, que son materia extensa. Descartes inaugura una nueva forma de ver al hombre en la Edad Moderna. Por un lado, incorpora los nuevos descubrimientos de la física clásica y los usa para explicar el funcionamiento del cuerpo, y por otro define al hombre como un ser racional, equiparando razón y alma.  Tras Descartes, el problema del dualismo antropológico será abordado por varios filósofos modernos. Los racionalistas, como Leibniz, defenderán este dualismo, prescindiendo de la glándula pineal y explicándolo de otro modo. Los empiristas, como Locke o Hume, pondrán en duda la existencia del alma, y estudiarán al hombres desde el cuerpo, haciendo de la mente un órgano más del cuerpo.

EL PROBLEMA DEL CONOCIMIENTO. LOS DISTINTOS TIPOS DE IDEAS. Una vez que Descartes ha demostrado la existencia de Dios y con ella ha restablecido la validez del conocimiento humano, lleva a cabo una clasificación de los distintos tipos de ideas que pose en mi mente. La pregunta crucial es la que se cuestiona por su origen: ¿de dónde proceden las ideas que poseo n mi mente? ¿Cómo han llegado hasta mí? Este es el criterio mediante el cual las ordena. Hay tres tipos de ideas: innatas, y facticias y adventicias. Las ideas innatas son aquellas que no proceden del mundo exterior, es decir, no “nacen” de mi experiencia sino que están en mi mente desde mi nacimiento; yo nazco con ellas. Se trata de ideas claras y distintas, es decir, cuya verdad es indubitable y no pueden ser cuestionadas. Ejemplos de ideas innatas son la idea de yo (la primera verdad), Dios, las figuras geométricas o los conceptos matemáticos. Se trata de ideas universales que todos los hombres poseen. Al defender la existencia de las ideas innatas, Descartes está diciendo que la fuente del conocimiento humano se encuentra en la razón, en el sujeto, y es a partir de ella como debemos construir el conocimiento. Dicho de otra forma: los conceptos más importantes que maneja el ser humano (sus formas de razonar, sus ideas principales, etc.)son de origen racional, innato, y no extramental. Las ideas facticias se tratan de ideas que están tan solo en mi mente, pero a diferencia de las innatas, han sido creadas por mí. Son un producto de mi imaginación, a base de mezclar fantasiosamente distintas ideas. Por ejemplo, la idea de Pegaso es una mezcla de la idea de caballo y la idea de un animal alado. La idea de un centauro es una mezcla de la idea de hombre y la idea de caballo. Las ideas adventicias son aquellas ideas que proceden del mundo exterior, a través de los sentidos, como la idea de mesa, caballo, árbol o fuente. Tienen su origen en la realidad extramental que contemplo empíricamente. Ahora bien: ni tan siquiera estas ideas escapan por completo al innatismo. Todas las ideas adventicias poseen algún rasgo innato, a través del cual podemos pensarlas, como elmovimiento, la figura o la extensión.